Geneza powstania Instytutu Ekonomii związana jest z utworzeniem Uniwersytetu Łódzkiego w 1945 roku i powstaniem w jego ramach między innymi Wydziału Prawno-Ekonomicznego. To właśnie na tym Wydziale działała Katedra Ekonomii, którą kierował prof. nadzw. Wacław Fabierkiewicz. W 1949 roku, na bazie filii Szkoły Głównej Handlowej, utworzono w Łodzi kolejną samodzielną uczelnię – Wyższą Szkołę Ekonomiczną, którą kierowali kolejno prof. Antoni Konopka i dr Jan Mujżel. Została ona włączona w struktury Uniwersytetu Łódzkiego w 1961 roku. W wyniku połączenia kadr naukowych Wyższej Szkoły Ekonomicznej, katedr ekonomicznych Wydziału Prawno-Ekonomicznego UŁ oraz katedr socjologicznych, przeniesionych z Wydziału Filozoficzno-Historycznego UŁ w 1965 roku utworzono Wydział Ekonomiczno-Socjologiczny.

Dzieje Katedry Ekonomii kształtowały się następująco:

• W latach 1961-1964 w ramach Katedry powstały dwa zakłady: Zakład Kapitalizmu oraz Zakład Socjalizmu.
• W 1970 roku Katedra Ekonomii została przekształcona w Instytut Ekonomii Politycznej, który działał do 1992 roku Dyrektorami Instytutu byli kolejno: prof. dr hab. Jan Mujżel, prof. dr hab. Leszko Miastkowski, doc. dr hab. Wiesław Caban oraz prof. dr hab. Stefan Krajewski.
• W 1992 roku Instytut Ekonomii Politycznej został przekształcony w Katedrę Ekonomii kierowaną przez prof. dra hab. Stefana Krajewskiego. W skład Instytutu wchodziły: (1) Zakład Funkcjonowania Gospodarki – kierownik prof. dr hab. Stefan Krajewski; (2) Zakład Podstaw Ekonomii – kierownicy: prof. dr hab. Roman Milewski oraz prof. dr hab. Witold Kasperkiewicz; (3) Zakład Teorii Wzrostu Gospodarczego – kierownik prof. dr hab. Cezary Józefiak; (4) Zakład Współczesnych Teorii Ekonomicznych – kierownicy: prof. dr hab. Marek Belka oraz prof. dr hab. Eugeniusz Kwiatkowski oraz (5) Zakład Ekonomiki Obrony kierowany przez prof. dr hab. Wiesława Bednarka.
• Rok 2003 przyniósł kolejne przekształcenie Katedry Ekonomii w Instytut Ekonomii, w skład którego weszły następujące jednostki: (1) Katedra Makroekonomii kierowana przez prof. zw. dra hab. Eugeniusza Kwiatkowskiego, (2)Katedra Ekonomii Instytucjonalnej kierowana przez prof. zw. dra hab. Stanisława Rudolfa, (3) Katedra Gospodarki Światowej i Integracji Europejskiej kierowana przez prof. zw. dr hab. Zofię Wysokińską, (4) Katedra Ekonomii Rozwoju kierowana przez prof. zw. dra hab. Ryszarda Piaseckiego, (5) Katedra Mikroekonomii kierowana przez prof. nadzw. dra hab. Witolda Kasperkiewicza oraz Zakład Funkcjonowania Gospodarki kierowany przez prof. nadzw. dra hab. Stefana Krajewskiego.
• W 2011 roku nastąpiły kolejne, znaczące zmiany w Instytucie. Ze stanowiska Dyrektora Instytutu Ekonomii odszedł prof. zw. dr hab. Stefan Krajewski, a Jego miejsce zajęła prof. zw. dr hab. Zofia Wysokińska. Zmiany zaszły także na stanowiskach kierowników Katedr. Kierownikiem Katedry Funkcjonowania Gospodarki została prof. nadzw. dr hab. Joanna Działo, natomiast Kierownikiem Katedry Ekonomii Instytucjonalnej - dr hab. Piotr Urbanek, prof. UŁ.
• W 2012 roku ze stanowiska Dyrektora Instytutu odeszła prof. dr hab. Zofia Wysokińska, a Jej miejsce zajął prof. zw. dr hab. Eugeniusz Kwiatkowski.
• W 2013 roku włączono do Instytutu Ekonomii Katedrę Historii Myśli Ekonomicznej i Historii Gospodarczej UŁ pod kierownictwem prof. dra hab. Janusza Skodlarskiego. W 2016 roku kierownikiem Katedry został dr hab. Rafał Matera, prof. UŁ, a w 2020 roku dr hab. Joanna Dzionek-Kozłowska, prof. UŁ. W 2021 roku Katedra zmieniła nazwę na Katedra Historii Ekonomii.
• W 2017 roku do Instytutu dołączyła Katedra Wymiany Międzynarodowej, której kierownikiem był wówczas prof. dr hab. Janusz Świerkocki. Od 2019 roku tę funkcję sprawuje dr hab. Anetta Kuna-Marszałek, prof. UŁ.
• W 2018 roku stanowisko dyrektora Instytutu Ekonomii objął dr hab. Piotr Krajewski, prof. UŁ. Jego zastępcą został dr Andrzej Kacprzyk.
• W 2020 roku Katedra Ekonomii Instytucjonalnej połączyła się z Katedrą Mikroekonomii i funkcjonują jako Katedra Ekonomii Instytucjonalnej i Mikroekonomii pod kierownictwem dra hab. Piotra Urbanka, prof. UŁ. Stanowisko Dyrektora Instytutu Ekonomii objął po raz drugi dr hab. Piotr Krajewski, prof. UŁ, a jego zastępcą została dr hab. Anetta Kuna-Marszałek, prof. UŁ.
• W 2022 roku stanowisko kierownika Katedry Ekonomii Rozwoju objęła dr hab. Małgorzata Burchard-Dziubińska, prof. UŁ, zaś Katedry Gospodarki Światowej i Integracji Europejskiej – dr hab. Joanna Wyszkowska-Kuna, prof. UŁ. 
• W 2024 roku nastąpiły kolejne zmiany w Instytucie. Ze stanowiska Dyrektora Instytutu Ekonomii odszedł dr hab. Piotr Krajewski, prof. UŁ a Jego miejsce zajął prof. dr hab. Tomasz Dorożyński, prof. UŁ. Zastępcą dyrektora została dr hab. Katarzyna Skorupińska-Cieślak, prof. UŁ. Zmiany zaszły także na stanowiskach kierowników Katedr. Kierownikiem Katedry Funkcjonowania Gospodarki została dr hab. Aleksandra Majchrowska, prof. UŁ, Kierownikiem Katedry Makroekonomii - dr hab. Paweł Gajewski, prof. UŁ natomiast Kierownikiem Katedry Ekonomii Instytucjonalnej i Mikroekonomii - dr hab. Maciej Kozłowski, prof. UŁ. Zmianie uległa nazwa Katedra Wymiany Międzynarodowej na Katedra Ekonomii Międzynarodowej.